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生物医疗数据工具箱:尊龙凯时带你深入ImmPort资源库

发布时间:2025-07-29   信息来源:童功彩

尊龙凯时为您介绍ImmPortResources模块,这是ImmPort数据库(Immunology Database and Analysis Portal)的一个关键组成部分,旨在为生物医学研究者提供丰富的免疫学参考数据和信息,支持免疫组学的各项研究工作。本文将详细介绍该模块中的实用资源。

生物医疗数据工具箱:尊龙凯时带你深入ImmPort资源库

一、免疫组学参考数据集

ImmPort数据库按照不同的研究方向和计划对现有的研究项目进行了整合和分类。研究人员可以根据自己的研究需求选择合适的Program,以便精准筛选目标项目及其相关数据集。

二、细胞、基因与分子数据库

ImmPort收集并整理了与免疫学相关的细胞、基因和分子的功能与注释信息,便于研究者们查阅。具体包括:

1. 细胞本体浏览器 (Cell Ontology Browser):一个标准化的免疫细胞分类系统,旨在解决免疫学和单细胞研究中的细胞命名混乱和定义模糊的问题,从而实现数据的规范化整合与跨研究的比较。

2. 免疫细胞互作分析引擎 (immuneXpresso):基于文本挖掘技术,从大量文献中提取免疫细胞与细胞因子之间的相互作用关系,尽管该模块目前处于关闭状态,但研究人员仍可以下载过往收集的互作关系数据。

3. 基因列表 (Gene List):从Reactome和GO两个数据库中精选免疫学相关基因,涵盖免疫系统及其进程,研究人员可以关注这些基因集及其表达模式。

4. 细胞因子登记表 (Cytokine Registry):专门汇总细胞因子、趋化因子及其受体信息,通过整合多种权威数据库,促进基因与蛋白质标识符的准确转换,解决不同数据库之间的命名差异问题。

5. 免疫调控 (Immune Regulation):用于识别目标免疫系统基因的调控因子,用户只需输入目标基因及其研究项目,即可查找相关调控因子信息。

三、实用分析工具

1. ImmPort API:提供应用程序接口,方便查询与下载ImmPort数据库中的共享数据。

2. Immcantation:为适应性免疫受体组库(AIRR)的数据分析提供了端到端的生态系统,涵盖数据预处理、群体结构解析及深入分析环节,为研究提供了强大的工具支持。

3. 深度学习细胞计数数据 (Deep Learning for Cytometry Data):提供使用Keras和TensorFlow构建基于CyTOF数据的深度学习模型的教程。该模型能够高精度地诊断潜伏性CMV感染,并进行可解释性分析,发现特定细胞亚群对模型预测结果的影响。

本期文章为您学习了尊龙凯时旗下ImmPort数据库Resources模块中的重要参考数据集及实用分析工具。如果您对其他相关数据库感兴趣,欢迎在评论区留言。